员工自动离职的处理方式如下：
发送限期返岗通知
企业应首先向员工发送《限期返岗通知书》，要求员工在规定的时间内返回工作岗位。这一措施旨在确认员工是否仍愿意继续履行劳动合同，并了解其无法到岗的合理原因。
计算旷工天数并发出解除劳动合同通知
若员工未按要求返岗，企业需开始计算其旷工天数。当旷工天数达到企业规章制度规定的可以解除劳动合同的天数后，企业应向员工发送《解除劳动合同通知书》。通知可以通过直接送达、邮寄或公告等方式进行，确保通知的有效性。
办理离职手续
员工自动离职后，企业应与其办理离职手续，包括工作交接、结清工资和支付经济补偿金等。企业还需为员工出具解除劳动关系的证明，并在规定时间内办理档案和社会保险关系转移手续。
处理赔偿事宜
若员工自动离职给企业造成损失，企业可依据《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》要求员工承担赔偿责任。损失赔偿范围包括用人单位招收录用费用、培训费、直接经济损失以及劳动合同约定的其他赔偿费用。
行使行政处分权
企业可以根据内部规章制度对自动离职的员工进行行政处分，如记过、降级等。所有处分决定应以书面形式送达员工，并确保程序合法。
保留解除手续和证据
企业在处理自动离职员工时，应妥善保管所有相关文件和证据，以备将来可能出现的争议或法律诉讼。
履行告知义务
企业在处理自动离职员工时，应遵循相关法律法规，确保所有程序合法合规，避免因程序不当导致处理决定被确认无效。
通过以上步骤，企业可以妥善处理员工自动离职的相关事宜，维护自身合法权益，并确保劳动关系的和谐稳定。
